পানিপথের প্রথম যুদ্ধে ইব্রাহিম লোদির বিরুদ্ধে বাবরের জয়ের মাধ্যমে ভারতীয় উপমহাদেশে মোঘল বা মুঘল সাম্রাজ্যের সূচনা হয়। মুঘল সম্রাটরা মধ্য এশিয়ার টার্কো-মঙ্গোল বংশোদ্ভূত ও মুসলিম ছিলেন। ১৫৫৬ সালে আকবরের ক্ষমতারোহণের মাধ্যমে মুঘল সাম্রাজ্যের ধ্রূপদী যুগ শুরু হয়। আকবর ও তার ছেলে জাহাঙ্গীরের শাসনামলে ভারতে অর্থনৈতিক প্রগতি বহুদূর অগ্রসর হয়।

মুঘল সাম্রাজ্যের প্রতিষ্ঠাতা বাবুর ছিলেন মধ্য এশিয়ার সমর বিজেতা চেঙ্গিস খাঁ ও তৈমুর লঙ্গের উত্তরপুরুষ। তিনি ষোড়শ শতকের প্রারম্ভে ভারতে রাজনৈতিক বিশৃঙ্খলার সুযোগে এদেশে মুঘল সাম্রাজ্যের ভিত্তিপ্রস্তর স্থাপন (১৫২৬ খ্রি.) করেন। মুঘল শাসনামলে উত্তর ও পশ্চিম ভারতের বিভিন্ন গোষ্ঠী যেমন মারাঠা, রাজপুত ও শিখরা সামরিক শক্তি অর্জন করে।

শাহজাহানের যুগে মুঘল স্থাপত্য এর স্বর্ণযুগে প্রবেশ করে। তিনি অনেক স্মৃতিসৌধ, মাসজিদ, দুর্গ নির্মাণ করেন যার মধ্যে রয়েছে আগ্রার তাজমহল, মোতি মসজিদ, লালকেল্লা, দিল্লি জামে মসজিদ। আওরঙ্গজেবের শাসনামলে মুঘল সাম্রাজ্যের সীমানা সর্বোচ্চ পর্যায়ে পৌঁছায়। শিবাজী ভোসলের অধীনে মারাঠাদের আক্রমণের ফলে সাম্রাজ্যের অবনতি শুরু হয়।

মুঘল যুগে সম্রাটদের প্রদত্ত ফরমানসমূহ ঐ যুগের ইতিহাস লেখার অত্যন্ত নির্ভরযোগ্য এবং গুরুত্বপূর্ণ উপকরণ। মুঘল সম্রাটদের রাজত্বকালে সরকারি দলিলপত্র সংরক্ষণ করার সুবন্দোবস্ত ছিল। পরবর্তীকালে যুদ্ধ-বিগ্রহের ফলে উত্তর ভারতের অধিকাংশ শহর ধ্বংসপ্রাপ্ত হওয়ায় ঐতিহাসিক তথ্য সম্বলিত ঐসব দলিলপত্রের অধিকাংশ বিনষ্ট হয়ে গেছে। এ যুগে মূল্যবান গ্রন্থাগার ছিল বলেও প্রমাণ মেলে। শুধুমাত্র সম্রাট আকবরের গ্রন্থাগারে ২৪,০০০ গ্রন্থ ছিল। যার একটিরও হদিস পাওয়া যায়নি। পরে মুঘল যুগের বেশ কিছু দলিলপত্র, সরকারি ফরমান, সরকারি কাজে ব্যবহৃত কাগজপত্র পাওয়া গেছে। এসব সরকারি দলিলপত্রের মধ্যে‘ফরমান' (রাজকীয় আদেশ), ‘দস্তুর-উল-আমল' (রাজস্ব-বিধি ও রাজস্ব-পরিসংখ্যান), ‘আকভারাৎ-ই-দরবার-ই-মুঅল্ল' (দরবারের সংবাদ ও সংবাদ লেখকের প্রতিবেদন), ‘ইন্সা' অথবা ‘মকতুবাত' অথবা‘রূকাৎ' (চিঠিপত্র সংগ্রহ) প্রভৃতি উল্লেখযোগ্য।

মুঘল যুগে ভ্রমণ পিপাসু ইউরোপীয়রা ব্যাপকভাবে ভারতবর্ষে এসেছিলেন। কেউ এসেছেন ব্যবসা করতে, কেউবা এসেছিলেন ভারত ভ্রমণে। তাঁদের মধ্যে অনেকেই রেখে গেছেন তাঁদের ভারত ভ্রমণের লিখিত বিবরণ। এসব বিবরণে মুঘল যুগের সামাজিক, রাজনৈতিক, ধর্মীয়, অর্থনৈতিক অবস্থার এক তথ্যবহুল চিত্র পাওয়া যায়।

১৭৮৪ সালে মারাঠারা দিল্লীর সালতানাতের পরিরক্ষাকারী হিসাবে ঘোষিত হয়। দ্বিতীয় অ্যাংলো মারাঠা যুদ্ধের পূর্ব পর্যন্ত এই ব্যবস্থা বজায় থাকে। এরপরে ব্রিটিশ ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানি দিল্লির মুঘল বংশের পরিরক্ষাকারী হিসেবে আবির্ভূত হয়। তখন ব্রিটিশ ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানি প্রাক্তন মুঘল সাম্রাজ্যের একটি বড় অংশ নিয়ন্ত্রণ করতো। ১৮৫৭-৫৮ সালের সিপাহী বিপ্লব ব্যর্থ হলে, ব্রিটিশ সরকার শেষ মুঘল সম্রাট বাহাদুর শাহকে সিংহাসনচ্যুত করে এবং রেঙ্গুনে নির্বাসিত করে। সেই সাথে বিলুপ্ত হয় মুঘল সাম্রাজ্যের।